Причиной большинства болезней плодовых растений являются грибы. Грибные болезни чаще всего поражают листья и плоды. Грибы способны сами проникать в растения, хотя многие виды проникают через поранения или естественные отверстия. Споры грибов, образующиеся в огромных количествах, распространяются водой и воздушными потоками или насекомыми-переносчиками.
В полной мере вредоносность грибных болезней можно представить на примере парши яблони. В годы с прохладным влажным летом парша яблони может уничтожить весь урожай яблок. Уже во второй половине вегетации из-за сильного поражения деревья сбрасывают листву, оставшиеся на деревьях плоды становятся уродливыми и малосъедобными. Лишенные листьев, деревья в зиму уходят ослабленными и при сильных морозах погибают. Не менее вредоносными болезнями являются парша груши, коккомикоз вишни, мучнистая роса, монилиоз косточковых и др.

Бактериальные болезни встречаются значительно реже грибных. На плодовых деревьях отмечено лишь несколько таких заболеваний. Бактерии проникают в растения только через естественные ходы, например, через устьица, чечевички или поранения. Активными переносчиками бактериальных болезней являются насекомые и человек (при обрезке, прививке и других работах, связанных с поранением дерева). К симптомам бактериальных болезней относятся гибель тканей и образование галлов, увядание растений вследствие поражения сосудистой системы, мокрые гнили во время хранения плодов.

Одной из наиболее серьезных болезней является бактериальный ожог яблони и груши. Особенно вредоносна эта болезнь для груши. Первые видимые признаки заболевания проявляются в конце июня и в июле. На деревьях внезапно начинают усыхать однолетние приросты, листья чернеют, но не опадают. Больное дерево за 2—3 года погибает.

Вирусные болезни привлекли внимание плодоводов сравнительно недавно. На основании внешних признаков они делятся на две основные группы — мозаики и желтухи. Признаками поражения вирусом желтухи являются пожелтение, скручивание листьев, карликовость роста, усиленное ветвление и укороченные междоузлия, образование галлов. При поражении вирусом мозаики растения характеризуются мозаичной расцветкой и крапчатостью листьев вследствие развития хлороза или некроза тканей. Вирусы обычно переносятся насекомыми, в основном цикадами и тлями. Заражение происходит также при вегетативном размножении и обрезке плодовых деревьев. Единственный надежный способ получения здорового посадочного материала — использование маточных растений, свободных от вирусов. Сады из таких растений, расположенные на изолированных участках,, создаются во многих научных учреждениях страны.

Нематоды — это несегментированные черви. Большинство из них свободно живут в почве и составляют значительную часть почвенной фауны. Нематоды из-за мелких размеров (0,4—3,1 мм) почти неразличимы в почве. Большинство паразитирующих нематод питаются на корнях культурных растений. Нематоды у плодовых растений образуют на корнях галлоподобные выросты. Зараженные корни постепенно разрушаются, что способствует проникновению возбудителей бактериальных и грибных гнилей.

Несмотря на большие успехи химии и других отраслей науки, потери от насекомых в садоводстве снижаются медленно. Наши «противники» обладают многими преимуществами, такими, как небольшой размер, благодаря чему их трудно обнаружить, способностью летать, огромной плодовитостью и удивительно быстрыми сроками размножения, всеядностью и пластичностью, позволяющими насекомым обитать во всех природных зонах и повреждать все виды растений.

Хорошо известны каждому садоводу тли, которые встречаются практически на всех выращиваемых плодовых культурах. На зиму тли откладывают яйца, из которых весной появляются молодые особи. Летом вся популяция состоит из живородящих самок. Уже через неделю после рождения тли способны дать жизнь новому поколению. Они сосут соки из листьев, побегов и молодых плодов, листья становятся мелкими, скрученными, а иногда и совсем засыхают. Близки к тлям щитовки. В запущенных садах тли и щитовки причиняют огромнейший вред и иногда полностью высушивают деревья.

Из грызущих насекомых хорошо известны плодожорки, пилильщики, цветоеды. При сильном распространении они полностью могут уничтожить урожай плодов.

Несмотря на наше хорошее отношение к птицам, как помощникам по борьбе с насекомыми, необходимо отметить и тот вред, который они могут приносить. Птицы могут полностью уничтожить урожай вишни и черешни. Наиболее надежным методом защиты урожая от птиц является покрытие деревьев сеткой, металлической или рыболовной, однако не всегда и не везде это возможно сделать. Большие надежды связаны с достижениями радиоэлектроники, когда записанные на магнитофонную пленку голоса птиц (крики страха и предупреждения) воспроизводятся в саду во время созревания урожая.

Грызуны (мыши и зайцы) относятся к одним из наиболее опасных вредителей сада. Зимой или рано весной в поисках пищи они обгладывают кору по окружности стволов, и, если сразу же не провести прививки мостиком, поврежденные деревья обречены на гибель. В последние годы участились также случаи повреждения молодых садов и плодовых саженцев лосями.